El Museo es reconocido a nivel mundial por sus valiosas colecciones de botánica, zoología, geología y paleontología. En sus ambientes se conservan las muestras recolectadas por reconocidos científicos que establecieron los cimientos de la ciencia nacional, tales como Antonio Raimondi y Augusto Weberbauer. Actualmente, los investigadores del Museo desarrollan una importante actividad científica, secundados por personal técnico especializado y estudiantes universitarios. Esta labor permite la formación de nuevos recursos humanos en Ciencia. Estas investigaciones son divulgadas al mundo a través de numerosas publicaciones aparecidas en revistas científicas nacionales y extranjeras, además de su presentación en importantes fotos internacionales, tales como congresos, simposios, etc. Como centro de investigación, el Museo atrae anualmente a distinguidos científicos de todo el mundo, que visitan sus colecciones y laboratorios para desarrollar proyectos cooperativos de investigación con sus colegas locales.
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