Esta división agrupa exhibiciones y colecciones de Minerología, Petrología, Paleontología de Invertebrados y Paleontología de Vertebrados. El moderno pabellón de Geología y Minerología cuenta con una didáctica muestra de los más representativos minerales, rocas y fósiles de invertebrados de todo el territorio nacional. Las colecciones de Geología y Paleontología de Invertebrados albergan las valiosas piezas estudiadas inicialmente por Antonio Raimondi, Bernardo Boit, Guillermo Morales y otros.
La exhibición de fósiles de vertebrados muestra la gran diversidad de especies que existieron en el pasado y la poco conocida riqueza paleontología del Perú. En las salas de dinosaurios se presentan los enormes huesos de titanosaurios descubiertos en Bagua, departamento de Amazonas. La exhibición de los famosos fósiles marinos de la costa peruana y de la megafauna que vivió hace sólo 10000 años es una pequeña muestra de la enorme colección que albergan los ambientes de investigación. En las exhibiciones destacan las reconstrucciones a escala real de dinosaurios, mamíferos extintos y el caimán gigante Purussaurus. La colección de vertebrados fósiles incluye una colección de paleo ADN.
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